Насељава листопадне и мешовите шуме, нарочито оне са старим стаблима и природним шупљинама, као и паркове и вртове. У Србији се гнезди у планинским и брдским шумама, често у близини потока и влажних станишта.

Првенствено инсективор. Храни се летећим инсектима као што су муве, лептири, пчеле, осе и комарци. Такође лови гусенице, пауке и друге бескичмењаке са грана и тла. Током миграција и зимовања у Африци, исхрана се проширује на бобице и ситно воће.

Као инсективор, црноврата мухарица игра значајну улогу у контроли популација инсеката, доприносећи одржавању еколошке равнотеже у различитим екосистемима.

Главне претње укључују губитак станишта услед интензивне пољопривреде, смањење броја гнездећих места због уништавања старих стабала и употребу пестицида који смањују доступност хране. Климатске промене могу довести до неслагања између времена гнежђења и доступности хране.

Црноврата мухарица најлакше се уочава у јутарњим сатима, када мужјаци заузимају територије и почињу са карактеристичним кратким певањем, које понекад више личи на испрекидано шапутање него на песму. На Рајцу је највише активна на рубовима млађих буквика и у просеци кроз мешовите шуме, где користи природне шупљине за гнезда. Мужјаци се често држе исте гране током певања, што омогућава релативно лаку визуелну детекцију. Понашање је упадљиво мирно –- птица седи и посматра, а затим се кратко обрушава на инсекта и враћа на исто место. Фото-замке постављене близу гнезда у старим стаблима или постављене кућице могу дати драгоцене податке. У кишним данима активност знатно опада, али се често склоне у шупљине и на заштићене огранке.

Налазе врсте Црноврата мухарица пријавите путем eBird или директно управљачу заштићеног подручја.